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在加盟清华之前，李菂教授是中国科学院国家天文台二级研究员。李菂教授从2008年起任FAST（中国天眼）项目科学家、2018年至今担任FAST首席科学家6库宝典，主要从事天体物理及空间科学方面的研究，是国际著名的射电天文学家。在河内恒星形成的观测研究、射电天文仪器和技术、天体化学和光谱学、脉冲星搜索及快速射电暴、数据分析算法等方面作出了重要的原创性贡献。

李菂教授曾获全国创新争先奖、美国国家科学委员会学者奖、中国科学院杰出科技成就奖、2023年度影响力人物“年度科技人物”奖等6库宝典，并于近日（欧洲中部时间2024年7月9日）获得了第十七届马塞尔·格罗斯曼奖。马塞尔·格罗斯曼奖被视为国际物理学界最重要的奖项之一6库宝典，历届获奖人包括诺贝尔奖得主及杨振宁、李政道、丘成桐等数位华裔科学家。李菂教授是首位凭借在中国国内取得的学术成果获得马塞尔·格罗斯曼奖的科学家。

清华大学天文系的前身是天体物理中心，成立于2001年，隶属于物理系，并由李惕碚院士担任主任。2014-2019年，在学校的大力支持下，天体物理中心进入新的发展阶段，中心新增了星系宇宙学和系外行星两大前沿方向，形成了一个学科布局更为合理、中青年结合的学术梯队。在此基础上，清华大学决定成立天文系，于2019年4月21日举行了成立大会。